真菌的形态具有多样性，大小不一，大的用肉眼可以看到，小的用普通光学显微镜放大数倍乃至千倍方可观察到其形态，其形态分单细胞和多细胞，单细胞呈圆形或卵圆形，如酵母菌（yeast）；多细胞由菌丝和孢子组成，并交织成团。少数真菌在不同环境条件（如营养、化学因素、温度和氧气等）下可以产生双相型真菌，球孢子菌等，当他们在宿主体内时呈酵母菌（酵母相）；在普通培养基上、25℃条件下培养时则成丝状菌（菌丝相）。这种相的转换与这些真菌的致病性有着密切的关系。